レアバリアントが高リスクのとき、フェノタイプと関係性があるとでて、レアバリアントが低リスクのとき、フェノタイプと関係性がないという結果が出したい。 この高リスク、低リスクは、CVに比べて、というものなので、CVについてもう少し考えて組み込んで、…

CVはリスク0で、アレル頻度20~50%。４個。 RVは高リスクで、アレル頻度0~10%。40個。CVはリスク0だから、フェノタイプにまったく寄与せず、遺伝要因に占める割合は0。RVは、持っているとフェノタイプに大きく寄与する。というモデルにおいて、MST検定を行う…

CV4個で固定してRVの数を変えてみるとこうなった。こうなる理由がつかめない。モデルとしては、4個、と固定するより、RVの数によって変わる方が説明しやすそう。たとえば、 グラフの変化が小さい順にka=20,40,60,80 上のモデルのような確率分布に従う時、検…

#バリアントの数が60のときの、CNを変える Date<-"09261" source("MST.R") Np<-100 #MST何回か HN<-50000 df<-200 cnnu<-c(20,30,40,50,60,70) Rnu<-length(cnnu) syu<-matrix(0,Np,Rnu) #boxplot用 colnames(syu)<-cnnu for (nnp in 1:Rnu){ CN<-cnnu[nnp] …

RV40個 CVの数を変えてみる。 0のときを加えて、CVの数が小さいときを調べてみる。CVについて、今アレル頻度を一様分布で与えているが、数が少ないから適当に設定すべきだ。RV60個

レアバリアントの数を60以下にしたとき検出力がよくなかったのはなぜかについて。段の高さの違いは、afの与え方のパラメタka（af=rexp(N,ka)）で変わるので、段の幅のとりかたによるのではないかと考えた。RVの数が少ないとき、アレル頻度の設定の仕方を、1/…