N=60のとき、アレル頻度の刻み幅を変える


レアバリアントの数を60以下にしたとき検出力がよくなかったのはなぜかについて。段の高さの違いは、afの与え方のパラメタka(af=rexp(N,ka))で変わるので、段の幅のとりかたによるのではないかと考えた。

RVの数が少ないとき、アレル頻度の設定の仕方を、1/dfのものはn1個、2/dfのものはn2個・・・df/dfのものはndf個というように設定することにして、dfの値を50,100,,,,300と変えてみたところ、上の結果になったので、df=200にする。

正確には、0.1%,0.5%,1%,1.5%,,,,,99.5%のアレル頻度のものについて、それぞれ何個かを指数分布に従うようにつくっている。0%のものは調べても仕方がないので。