rexp(,rate)は、rate=kaとして、 確率密度関数ka*e^(-ka*x)となるような分布に従う。これからバリアントの数を変えるとき、ka=40とするなら、0.01増えると2/3になるくらいだから、 af=0.001 40個 0.01 27 0.02 18 0.03 12 0.04 8 0.05 5 0.06 3 0.07 2 0.10 …

横軸はlog(kr) contour(x,y,z,nlevels=50)アレル頻度が低いほどリスクが高くなるが、その高くなり具合を上げると、低リスクの物が増えて、RV方向に点をひっぱるようなRVが減り、上手くいかない。 アレル頻度が高いものもリスクが高めにすると、多くのサンプ…

人数を増やすほどいいようだ。 ２００人で、平均がほぼ０になっているので、バリアントの数を変えるとき、200人で調べる。

ka=kr=40,サンプル集団の人数を変えたとき。母集団からランダムに200人取り出して検定を行っている。母集団120人の時は200人選べないので100人選んだ。ランダムに何人取り出すかを変えないとあまり意味がない、と反省。特に、母集団が少ないと、あたえるアレ…

白いほど検出力が高い。それぞれ100回ずつ。今週やること： ・アレル頻度とリスクのプロットなど、グラフを分かりやすく使うための勉強 −軸を対数に ・ユークリッド距離とマンハッタン距離の違いをトポロジーから ・尤もらしいモデルで人数取り出す人数をか…