par(ask=TRUE) N<-200 #バリアントの数 i HN<-100000 #人数 j ir<-al<-matrix(0,HN,N) #各ローカスにおけるリスク、持っているアレル wei<-wei2<-P<-sr<-rep(0,HN) #重み、フェノタイプ、リスクの総和 risk<-af<-iaf<-rep(0,N) #真のアレル頻度 Np<-50 #MST…

ユークリッド距離かマンハッタン距離かで悩むところなのだけれど、どちらも検出力がものすごく変わるわけではなさそうなので、マンハッタン距離でやる。２つやると処理にものすごく時間がかかるので。k1=60,80あたりで、遺伝率がどのくらいならどれくらい検…

マンハッタン距離で。 下のことに気づいたので途中やめしたけれど、リスク＝±１のときが一番いいなぁ。。。パーミテーションテストでランダムに作った値をソートしたとき、下から何番目の枠に入るか、で調べているけど、分布関数を予測してｎ分位点で切るほ…

横軸はrisk=±exp(-k1*af)のk1で 1,2,3,4・・・にk1=0,10,20,30・・・が対応 縦軸はパーミテーションテストでランダムに作った値をソートしたとき、下から何番目の枠に入るか、の分布軸の書き方が必要。。。パーミテーションの回数か、取るサンプル数か、試行…

risk=±exp(-k1*af),af=rexp(N,k2) ・まず適当なk2についk1を動かしてみる。 ・k1、k2をいろいろ動かしてみて、関係性があるかどうかk1について、k1作ってなかったので１だ、と思っていたけど、パラメータわりあてて40にしていた。10刻みで0〜80まで調べてみ…

遺伝率ごとの検出力。0.68まではポジコンとしていけるのかもしれない。ポジコンとしていけるということはつまり、ある条件下なら、遺伝率が0.7以上のフェノタイプについて常に解析ができるということ。しかし、ポジコンの条件を決める際は、遺伝率は0.9で固…