オレンジと緑のところで、木のでき方が違うことになる。 木のでき方がちがっても、距離は常にマンハッタン距離の方が長かった。差がプラスかマイナスかしか調べていないが。

p3を円上で動かしたときの、p1,p2,p3の全域木の長さを調べる。 [:] eはユークリッド距離、mはマンハタン距離 123だったら、p1-p2-p3と結んだときの長さ 最小全域木の長さ あまり特徴がない。 今度は楕円でやってみる。これを円でやると、p3-p1-p2と結んだと…

100個で調べたときに少し平均と分散があがっているのは、試行回数が少ないからだと考えられる。120個あったら十分で、80個でも使えるかもしれない。

バリアントの数が少ないとき、リスク0のコモンバリアントを考えるとMSTがうまくいくのではないか、という予想。

source("MST.R") Np<-100 #MST何回か HN<-10000 syu<-matrix(0,Np,7) #boxplot用 nnu<-c(20,40,60,80,100,120,160) for (nnp in 1:7){ N<-nnu[nnp] ir<-al<-matrix(0,HN,N) #各ローカスにおけるリスク、持っているアレル wei<-wei2<-P<-sr<-rep(0,HN) #重み…